Eine Besiedlung des heutigen Stadtgebietes kann durch archäologische Funde bis in die jüngere Steinzeit zurückverfolgt werden. Zu Beginn des 13. Jahrhunderts entstand aus dem Nebeneinander eines slawischen Fischerdorfs, einer ungarischen Grenzsiedlung sowie einer Niederlassung deutscher Siedler ein Gemeinwesen, dass jedoch die Verheerungen des "Tatarensturms" in der Zeit zwischen den Jahren 1241-1242 nicht überstand.

Nach dem Rückzug der Tataren förderte der ungarische König Bela IV. auch die priviligierte Ansiedlung deutscher Bauern, Handwerker und Kaufleute. In einer ersten urkundlichen Erwähnung aus dem Jahre 1251 übereignete der ungarische König Bela IV. dem Prämonstratenser Orden die Sachsensiedlung an der Elisabeth-Kirche und legte damit den Grundstein für eine neue Siedlung. Bereits im Jahre 1269 wurde dieser Siedlung unter dem Namen Kesmark das Stadtrecht zuerkannt. Auf dem Gebiet der Zips entstand eine eigenständige geistliche Vereinigung, die Bruderschaft der 24 königlichen Pfarrer, sowie parallel hierzu die politische Organisation des Bundes der 24 Zipser Städte. Auch Kežmarok gehörte dem Bund der 24 Zipser Städte zunächst an, stieg jedoch im Jahre 1380 zu einer königlichen Freistadt auf.

In der 1. Hälfte des 15. Jahrhunderts konnte Kežmarok seine wirtschaftliche und politische Stellung, nicht zuletzt durch Verleihung weiterer königlicher Privilegien, stärken. Die Verleihung des Stapelrechtes im Jahre 1435 ermöglichte der Stadt, nunmehr von ihrer günstigen Lage am Rande wichtiger europäischer Handelswege zu profitieren. Der zunehmende Einfluss auf den polnisch-ungarischen Handelsverkehr führte jedoch zu einem langjährigen Konflikt mit der benachbarten königlichen Freistadt Levoča (dt. Leutschau), die bisher diese Handelswege kontrollierte. Zudem wurde die weitere Entwicklung von Kežmarok zunächst dadurch verzögert, dass zwischen der Stadt und den Besitzern der erstmalig im Jahre 1463 erwähnten Stadtburg erhebliche Zwistigkeiten bestanden. Bedingt hierdurch mussten die Bürger im Jahre 1568 auf ihre Privilegien einer freien Königsstadt verzichten. Erst im Jahre 1655 erhielt die Stadt durch Kaiser Ferdinand III. ihren Status als königliche Freistadt abermals zuerkannt.

Während des 18. bis ca. Mitte des 19. Jahrhunderts erreichte das vorwiegend in Zünften organisierte Handwerk seine wirtschaftliche Blüte. Hieran anknüpfend entstanden ab dem Jahre 1860 auch mehrere Fabriken zur Textilherstellung. Allerdings konnte Kežmarok im Gegensatz zu den benachbarten Städten Poprad und Spišská Nová Ves zunächst nicht vom Bau der Eisenbahnlinie Košice-Bohumín profitieren, wodurch die Entwicklung industriell geprägter Produktionsstätten behindert wurde. Nach dem 1. Weltkrieg begann eine Phase der Stagnation und des wirtschaftlichen Niedergangs, die erst nach 1945 ein Ende fand.

Nachdem die Slowakei am 1. Januar 1993 in die staatliche Selbständigkeit entlassen wurde und seit 1. Mai 2004 auch Mitglied der Europäischen Union ist, vollzog sich ein äußerst dynamischer Prozess des wirtschaftlichen Aufschwungs. Neben einer Belebung des Fremdenverkehrs zählen heute wichtige Industrieunternehmen der Textil- und Maschinenindustrie zu den Impulsgebern dieser Stadt. Dennoch konnte sich Kežmarok seinen mittelalterlichen Charme und seine besondere Stellung als geistig kulturelles Zentrum der Oberzips bewahren.